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filoprop{}                      Package: unknown                      R Documentation




Função prática para a representação da proporção relativa de um caráter ao 
longo de uma filogenia




Description:




filoprop realiza as seguintes tarefas: 1) calcula a proporção relativa de um 
caráter dentro de cada táxon de uma filogenia; 2) representa essa proporção 
relativa em um gráfico de setores; 3) plota cada gráfico de setores na ponta 
(tip) do seu respectivo táxon na árvore filogenética; 4) plota uma legenda; 5) 
salva a figura em um arquivo PDF no diretório de trabalho 


Usage:




filoprop(data, taxon, variavel, phylo, categ.cor, variavel.cont, n.categorias, circular=T, 
         nome.arquivo, x.y.legenda, unidade)
         


Arguments:




data           data.frame; dados do caráter de interesse e do táxon de interesse em vetores colunas.


taxon          character; vetor coluna de data com o táxon de interesse.


variavel       numeric, integer ou character; vetor coluna de data com o caráter de interesse.


phylo          multiPhylo; filogenia  a nível do táxon de interesse. 


categ.cor      character; vetor de tamanho 2 com o nome de cores. 


variavel.cont  logical; discrimina se o caráter de interesse é uma variável  contínua ou categórica. 


n.categorias   numeric; número de categorias desejadas se variavel.cont=T. 


circular       logical; informa se a figura desejada para a  filogenia é do tipo circular.


nome.arquivo   character; nome para o arquivo PDF que vai ser gerado.


x.y.legenda    numeric; vetor de tamanho 2 com as coordenadas da legenda.


unidade        character; unidade da variável de interesse. 
 
                   


Details:


   
A função filoprop representa cada categoria da variável de interesse em um  setor 
do gráfico de setores. A legenda, gerada automaticamente, informa a cor em que cada 
categoria é representada no gráfico de setores. Se a variável de interesse for 
contínua, a função filoprop  cria o número de categorias discriminado no argumento 
n.categorias. Para mais de duas categorias a filoprop escolhe cores entre as duas
cores fornecida no argumento categ.cor, formando um continuum.
   


Value:




Retorna um arquivo em PDF no diretório de trabalho com uma figura de uma árvore 
filogenética, um gráfico de setores em cada ponta dessa árvore e uma legenda. 




Warnings:




O nome do arquivo (argumento nome.arquivo) tem que ter extensão  PDF (.pdf).
A filogenia ter que estar a nível do táxon de interesse. 
A função filoprop exclui da filogenia fornecida os elementos que não são encontrados 
no argumento táxon.


Note:




Se a filogenia não estiver a nível do táxon fornecido a função filoprop envia 
a seguinte mensagem:
"Verifique: a filogenia contida no argumento *phylo* deve estar a nivel do objeto contido no argumento *taxon*"




Author(s):




Função desenvolvida por Lucas Ferreira do Nascimento (2017).
nascimento.flucas@gmail.com




References:




Comparative Methods in R - http://lukejharmon.github.io/ilhabela/
Phylogenetic tools for comparative Biology - http://blog.phytools.org/




See Also:


package: phytools. 
Esse pacote fornece várias ferramentas para métodos comparativos filogenéticos, 
assim como funções de manipulação, inferência e análises filogenéticas. 


Examples:


===== data.frame de input ====== 
data<-read.table("data.limpo.espinhos.txt",header=TRUE,sep="\t",
                 as.is=TRUE, fill=TRUE,skipNul=T)


===== filogenia de input ======


phylo<-read.nexus("arecaceae_phylo.txt")




filoprop(data, taxon=data$genus, variavel=data$length,phylo, categ.cor=c("chartreuse4", "firebrick4"), 
         variavel.cont=T, n.categorias=10 , circular=T, nome.arquivo="length.pdf" ,x.y.legenda=c(1.6,1) ,
         unidade="cm" )



### variavel continua; filogenia tipo cladograma


filoprop(data, taxon=data$genus, variavel=data$diam, phylo, categ.cor=c("lawngreen", "magenta"), variavel.cont=T, 
         n.categorias=10 , circular=F, nome.arquivo="diam.pdf" ,x.y.legenda=c(16,1) ,unidade="cm" )
         
         
### variavel categorica; filogenia tipo circular


filoprop(data, taxon=data$genus, variavel=data$espinho, phylo, categ.cor=c("gold", "orangered3"), variavel.cont=F, 
         n.categorias= , circular=T, nome.arquivo="espinho.pdf" ,x.y.legenda=c(1.6,1) ,unidade="")
         


### variavel categorica; filogenia tipo cladograma


filoprop(data, taxon=data$genus, variavel=data$fr_type,phylo, categ.cor=c("aquamarine", "black"), variavel.cont=F, 
         n.categorias= , circular=F, nome.arquivo="fr_type.pdf" ,x.y.legenda=c(10,1) ,unidade= "")


